2004年8月，縣城個別基督教徒受他人指使，擾亂基督教堂正常宗教活動，蠱惑不明真相的群眾上訪，企圖排擠教堂長老，占領(lǐng)講經(jīng)壇。馬學(xué)智及時組織有關(guān)部門進行調(diào)查研究，依法對鬧事人員進行了治安處罰，旗幟鮮明地保護了愛國宗教人士，使問題解決在了萌芽狀態(tài)。 2008年3月14日，西藏拉薩發(fā)生打砸搶燒暴力事件后，他立即深入三臺喇嘛廟，向宗教人士通報拉薩等地打砸搶燒事件的真相，并召開堅決反對達賴集團破壞祖國統(tǒng)一罪行座談會，進行形勢和愛國主義教育，他組織宗教人士和信教群眾認真學(xué)習(xí)《國務(wù)院宗教事務(wù)條例》，按照“保護合法，制止非法，抵御滲透，打擊犯罪”的方針，了解情況，化解矛盾，掌握了工作主動權(quán)，沒有引起教民思想波動。

廣交、深交朋友，是馬學(xué)智做好統(tǒng)戰(zhàn)工作的“法寶”。一年中，他有三分之二的時間在走訪宗教界人士、黨外知識分子、臺胞臺屬及歸僑僑眷等統(tǒng)一戰(zhàn)線各界人士，了解他們的心聲、關(guān)心他們的生活、幫助解決他們的困難，和他們建立了深厚的感情。

1999年初，老臺鄉(xiāng)南門村臺屬崔光平家的22只羊、1頭牛突然中毒死亡，使本來生活就很困難的崔光平家雪上加霜。打算向臺灣的哥哥求援。馬學(xué)智了解到這一情況后積極協(xié)調(diào)資金，在春節(jié)前將5000元現(xiàn)金送到了崔光平家里，崔光平一家感動得熱淚盈眶，給贈送了一面錦旗。

縣新民農(nóng)機制造廠原先只是三臺鎮(zhèn)的一個小手工作坊，馬學(xué)智考慮小型農(nóng)機具適合新疆農(nóng)牧區(qū)的生產(chǎn)力水平，發(fā)展前途大，鼓勵廠長王新民不能滿足于小打小鬧，要開發(fā)新產(chǎn)品，擴大生產(chǎn)規(guī)模，他推薦王新民當了縣政協(xié)委員、縣工商聯(lián)副會長。在馬學(xué)智的鼓勵和支持下，2001年，王新民把制造廠搬到了縣城。

后來，王新民發(fā)明了土豆施肥點播機、土豆收獲機等11項專利，研制的小型農(nóng)機具遠銷天山南北，年產(chǎn)值達到了500多萬元。王新民在接受記者采訪時說：“沒有馬部長幫助，就沒有我王新民和新民農(nóng)機制造廠的今天?！?今年元月份，六戶地村老阿訇丁學(xué)義的老伴身患腦瘤，馬學(xué)智上門看望時，得知丁阿訇給老伴看病已花去7萬多元，經(jīng)濟上已很困難，馬學(xué)智聯(lián)系讓住進了縣醫(yī)院，他又給想辦法籌集資金4000元，借款2000元，讓病人住院治療，丁阿訇感動地流下了眼淚。三臺喇嘛廟是昌吉州唯一的藏傳佛教寺廟，每年登門看望喇嘛已成了馬學(xué)智的習(xí)慣。

1997年冬天在看望喇嘛途中，因山路崎嶇雪滑難行，212吉普車失控他受了傷，但這并沒有動搖他每年看望喇嘛的決心，2002年10月，一位年近九旬德高望重的老喇嘛病危。聽到消息后，馬學(xué)智立即驅(qū)車到偏僻山區(qū)看望?？吹讲块L來了，臨終的老喇嘛在床上一句話也說不出，比劃著讓兒子拿來一條潔白的哈達，用顫抖的雙手將哈達獻給了令他尊敬的縣委統(tǒng)戰(zhàn)部部長。

事隔多年，馬學(xué)智一回憶起這段往事，還會禁不住流淚。他告訴記者：“真心換真情，這些愛國宗教人士，你把他們當朋友，他們就會把你當親人；你付出得多，得到的感動就多。近年來，每年“七一”建黨節(jié),少數(shù)民族過年他都要帶領(lǐng)政協(xié)機關(guān)和統(tǒng)戰(zhàn)部的黨員干部到民族村過組織生活和慰問貧困戶，通過座談了解，他幫助蘆草嘴子、哈家灣、東臺子等民族村辦了許多實事、好事。2008年爭取項目資金，為烏孜別克族聚居的東臺子村修了公路、文化室，還改造12戶村民危房，2009年他又積極爭取項目資金準備為這個村鋪瀝青路面，修養(yǎng)殖小區(qū)，發(fā)展畜牧養(yǎng)殖業(yè)生產(chǎn)，受到了當?shù)厝罕姷囊恢路Q贊。工作中也發(fā)生過值得總結(jié)的經(jīng)驗和教訓(xùn)。大有鄉(xiāng)廣泉回族清真寺有信教群眾近千人。